土壤功能及土壤可提供的生态系统服务主要受土壤属性及其相互作用的影响，其中土地利用方式和土壤管理对土壤功能的影响较大。人类对土壤的不合理利用与管理导致土壤生态系统失衡，引起负服务，例如动植物栖息地丧失、营养物质损失、温室气体排放等。土壤各个功能之间并非相互独立，而是存在着动态的协同与权衡关系。协同关系表现为多种土壤功能同步增强或减弱；权衡关系表现为一种或多种土壤功能的增加减弱了另一种或多种土壤功能。在农业生态系统中，各项调节服务（之间通常存在协同关系，而在供给服务（如初级生产力）和调节服务（如水净化和碳固存）之间，即在生产力提升和生态系统服务可持续之间需要进行权衡。在农田土壤管理中，一些健康土壤的培育技术如保护性耕作、多样化种植、以及动植物防治等的目的是挖掘土壤和作物的潜力，培育健康土壤，实现多目标协同。

由于土壤功能在时空上存在动态性，因此土壤功能间的协同与权衡应充分考虑时空要素。在时间尺度上，土壤功能不仅取决于当下的土壤性质与过程，还会随着土壤过程与外界环境的互作发生变化，并且在大空间尺度范围影响土壤功能的发挥。在空间尺度上，我国幅员辽阔，不同地理区域的气候特征、土壤特性、水资源分布、作物类型等均存在差异，不同尺度对土壤功能关注的侧重点不同。在田块尺度上，土壤肥力、虫害防治等是农户关注的焦点，而在流域尺度上过量氮磷增加会通过淋洗或径流污染地下水与地表水，造成富营养化、鱼类缺氧死亡，削弱动植物多样性。同时，一些土壤功能在地理区域之间存在相互叠加或抵消效应。以土壤固碳为例，不同土壤类型、土地利用方式及管理方式之间存在差异，而在区域上则可以叠加，这也为我国“碳达峰”与“碳中和”目标的实现提供了区域优化的可能途径。

 在权衡各项土壤功能时，需要充分结合不同时空尺度的需求和管理目标，保证重要土壤功能的协同。如在提高作物品质时，可能会对产量产生影响，但品质的提升将提高产品价值。在景观尺度上，增加乡土植物缓冲带、多花带等会影响土地产能，但增加了动植物多样性和景观功能，因而权衡土壤功能与土地整体规划和管理目标需求关系密切。